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2001年，南京云锦研究所提出了以法律规章形式保护南京云锦的建议，由市轻工产业集团正式行文向政府提出了申请。2002年12月，南京市人民政府以宁政发[2002]281号文正式颁发了《南京市政府关于保护南京云锦的决定》，规范了云锦市场，兑现了申报遗产代表作中政府所作的“出台保护措施”的计划，南京云锦从此走上了法制化管理的轨道。
2001年12月，在南京市保密局的指导下，云锦研究所历史上第一个保密工作规定出台，并报市保密局备案，成立了所长直接负责的所保密工作委员会。根据保密工作规定的要求，研究所全体职工与所部签订了“南京市云锦研究所保护商业秘密协议书”，对涉及研究所核心机密的13位同志签订了“竞业限制义务的承诺保证书”，规定了双方的权益和义务，从制度上确保了云锦研究所内部保密工作的贯彻和执行。
2002年1月，南京市科技局将云锦研究所列为“南京市知识产权重点联系单位”，在市科技局知识产权处的帮助下，几年来，云锦研究所已申报了十几项专利，其中包括发明专利和外观设计专利。
2004年12月，国家质量监督检验检疫总局对外发文公告：授予“南京云锦”原产地域产品称号。同时，云锦研究所还向国家工商总局商标局申请“南京云锦”证明商标，从名称上给予南京云锦法律上的保护，保护云锦的知识产权及产品的纯真性。
一系列法规的制定与实施，从知识产权、商标保护、市场防伪等各方面提供了保障，为南京云锦的保护与发展创作了有利条件。
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四、注重传承人的保护与培养
目前云锦研究所确认的传承人有24人，都是具有多年云锦设计、织造经验丰富的技艺人员。
为了确保南京云锦手工织造工艺技术、技艺后继有人，南京市教育局与南京市云锦研究所有计划地把云锦专业列入职业教育范畴，定期培训艺徒。每五年选拔20名学员作为传承人培养，其中培养手工织匠5名、拽花匠5名、意匠设计5名、纹样设计5名，高级云锦专业人才2名、中级云锦专业人才5名、初级云锦专业人才10名。
另外，云锦研究所每年和南京市教育局联合办一至两个云锦职业中专班，并准备和南京大学联合开设南京云锦硕士研究生班。
五、重视科研工作，带动全面发展
40多年来，云锦研究所经过不断努力，同全国众多的机构与专家学者合作，取得了很多科研成果，填补了多项国内空白，为云锦的继承、发展做出了杰出的贡献。
1、基础研究
从成立开始，云锦研究所就十分重视云锦传统工艺资料的挖掘、整理，认真记录整理老艺人的经验，并广泛的搜集原始图案设计资料，进行注释，建立系统完备的分类档案。同时对元、明、清历代官办织造和民间缎业的历史进行考证，理清南京云锦的历史发展脉络。整理出版了200件云锦实物专集和国内第一部有关云锦历史的学术著作《南京云锦史》。
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2、复制古代丝绸文物
多年来，云锦研究所十分注重发掘恢复历史上已失传的珍贵织物品种和工艺技术。
在国家文物局的支持下，云锦研究所从1979年开始同北京定陵博物馆合作，进行小批量的丝绸文物复制。经过多年的努力，终于圆满完成了这批古丝绸的复制工作。其中，经过５年研究复制出来的明万历皇帝孔雀羽妆花纱龙袍荣获全国工艺美术百花奖珍品奖金杯。
1986年云锦研究所成为国家文物局古代丝绸复制研究实验基地，根据基地建设要求，该所设立了“古代丝绸文物复制研究室”和“特种工艺实验复制车间”，积极开展丝绸文物普查和实施复制研究。从那时开始，云锦研究所在国家文物局的支持和指导下，先后普查了全国近二十家博物馆及相关丝绸文物保藏单位，取得了重要的第一手资料。同时还为国家文物局和国内、外文博单位复制了一批具有较高史料价值和保存价值的丝织珍品，取得了良好的社会效益。
其后，云锦研究所又在我国古代早期丝绸文物的复制研究上，取得了突出的成就，成功完成了湖北荆州博物馆藏的战国时期著名的丝绸文物“C型大菱纹锦”、“田猎纹绦”和汉代著名织物“素纱?R衣”等重要文物的研究复制工作。
多年来，云锦研究所坚持以科研为先导，为国内、外文博机构完成了多项重要文物的复制工作，在国内、外打出了名声，受到各界专家学者的好评，同时也为云锦保护与发展培养了人才，积累了经验。
3、深化云锦技艺研究，恢复传统品种，研制开发新产品
云锦的优势主要在于手工织造的传统产品品种和丰富的传统图案。今天继承和研究南京云锦，既要继承它精湛的工艺技巧，更要继承它的独特的艺术风格，这是云锦传统的精髓。云锦研究所通过对云锦艺术传统的认真地分析、研究，恢复了许多失传已久的云锦技艺、品种、图案，并运用现代设计技术、装饰手段对其进行包装，使传统的云锦产品以新的面目展现在现代人的面前。
近年来，该所根据传统纹样结合现代风格创作生产了一批云锦新产品。如根据北京定陵出土的明万历皇帝方龙补龙袍设计织造的“真金孔雀羽妆花缎正龙方补”，以及金麒麟、松鹤延年、童子绸、飞天、龙凤、花卉动物等等，完美地体现了南京云锦丰富的文化、艺术内涵。
